登録するかどうかが取引条件になった
課税事業者は、登録番号のない請求書では原則として仕入税額控除を受けられません（一定期間の経過措置あり）。このため、免税事業者に対して登録を求めたり、税額相当分の値引きを求めたりする場面が生じました。
ただし、一方的に対価を引き下げることは、取適法の買いたたきや独占禁止法上の優越的地位の濫用として問題になりうる行為です。登録の有無を理由に取引を打ち切ることも同様です。
実務上の負担
受託側には、登録・請求書様式の変更・保存要件への対応という事務が発生します。これは値引きに応じるかどうかとは別に、確実に発生するコストです。